El Enco nace en el desagüe del lago Panguipulli, en el extremo sureste de ese lago, y fluye hacia el sur desembocando en el lago Riñihue, en un recorrido total de 11,46 kilómetros. El río conecta estos dos los lagos cordilleranos a tráves de sus sectores más orientales, salvando un desnivel de 23 metros, entre la cota 130 del lago donde nace a la cota 107 del cuerpo lacustre al cual alimenta. Bordea asimismo los faldeos occidentales de los volcanes Mocho y Choshuenco.

Este río es famoso por su pesca deportiva. Existen truchas de gran tamaño, especialmente en la confluencias del arrollo Tirine, que nace en los deshielos del glaciar del macizo volcánico aledaño. Por esta razón, es visitado por numerosos pescadores, tanto nacionales como extranjeros.

Forma parte de una cuenca hidrográfica del río Valdivia, que va desde la bahía de Corral, hasta San Martín de los Andes. Es decir es transcordillerana y binaciónal. Los lagos de la cuenca son nueve: Lácar y Nonthue (ambos en Argentina), Pirehueico, Neltume, Calafquén, Pullinque, Panguipulli y Riñihue en Chile. El agua evacuada de ocho de estos nueve lagos fluye por el río Enco, siendo la excepción es el lago Riñihue, por ubicarse aguas abajo y ser el destino final de este río.